人類は太陽系を飛び出し、はるかイプザローン系にまで、開拓の手を伸ばしていた。
豊かな資源を持つ緑の星、イプザローン系第三惑星クレアド。開拓途中のこの星で、謎の遺跡が発見される。
これで5つめになるこの遺跡は、材質も分子構造も地球とは全く異なり、人類の常識では考えられない全く未知のもの。発見したクレーク博士とその助手ケイトは、あきらかにこれは人工的建造物でありこのイプザローン系に人類以外の知的生命体が存在していると主張、クレアド星が異星人によって手を加えられてるなら、入植はしばらく見合わせるべきだ、と、入植を主導してきた軍の司令（准将）に訴える。
クレアド星を立ったシャトルがステーションに到着。
クレークは早速ステーションの軍司令に会いに行く。
ロディ・フレッド・ペンチは、センターのミセス・ロビンソンと会うことができたが、他の子供達の姿は見えない。そのあたりを探してくる、というミセス・ロビンソン。心配そうなロディたちに、そこにいたケイトが、大丈夫よ、と声をかける。
司令に会うために一般人立ち入り禁止区域に入ろうとするクレークを、兵士が呼び止める。
軍の嘱託で考古学を担当している、軍司令に会いたい、と言うが、兵士は無理だとにべもなく言う。軍は状況把握のため緊急会議中だった。
今は艦長となっている中尉が、乗員全員を集めて話をしている。
我々は今、ベルウィック星へ向けて航行中だが、乗組員は中尉を含めて8名だけであり、いつ敵と遭遇するかもしれない現状では、この数はきわめて不十分であると言わざるを得ない。そこで民間人に、ジェイナスが搭載しているビーム砲など火気類の砲手として協力してほしい、という。
口々に協力を申し出る民間人たち。全員が一致団結して敵にあたることになった。
操作の説明のために会議室へ移動したが、クレーク博士とケイトは中尉に呼び止められる。別の仕事を手伝ってほしい、と中尉に促され、二人はジェイナスブリッジへ向かった。
ベルウィック星がようやく眼前に見えてきた。
両親に会えるという期待に胸をふくらませる子供達。
ジミーのハーモニカが突然やんだ。どうしてやめちゃうの？とカチュア。ジミーの気持ちを感じたのか、ずっといっしょにいてあげる、と。添えられたカチュアの手。あったかい、とジミー。やっとしゃべってくれたのね、喜ぶカチュア。そこへ、シャロンとペンチがやってくる。あれ？あんたらだけ？とシャロン。みんなを探しているようだ。
アゾレック基地地下の管制室は無事、通信施設も一通り生きていた。クレークが優先度トリプルエース（AAA）で方々に連絡を試みる。全てのチャンネルでコールしたが、どの基地とも連絡がとれない。防衛軍司令部のあるジワイメルウも同様だった。
地球へ行ける、と聞いたバーツたちが、おばさーん、とケイトのいる管制室にやってきた。が、ケイトの横顔は暗かった。クレーク博士が敵に襲われたのだ。
その話をマキから聞き、スコットは思わず大声をあげた。マキがそれを遮る。周りには小さい子供達がいる。その子達には心配させないように、と言われてきたのだ。
博士を捜していたケイトさんたちがアゾレック基地に帰ってきた。
食事をしながら、今後のことを話している子供たち。
やはりクレーク博士は亡くなったのか、というスコットに、遺体はひとつもなかったから、その判断は尚早だとロディとバーツ。
地下基地にいた地球軍は無線封鎖をしているため、連絡は取れない状態だ。でもとりあえず軍隊がいるから安心だ、というケンツ。きてくれりゃあな、と鋭いことをシャロンが言う。
洗濯物を干しているシャロン。お気に入りのいちごのパンツを、ルチーナとマルロにまで「赤ちゃんみたい」と言われている。汚い手で触るな、とマルロをはたいたら泣き出されてしまい「いちごが泣くぜ」
シミュレーターでロディとバーツはRVの操縦訓練をしていた。その様子を指をくわえて眺めているケンツとフレッド。やらせてよ、と食い下がる二人にロディとバーツは諦めるように言うのだが、その場を離れようとしない。
管制室にケイトが入ってきた。レーダーの監視をしていたクレアとスコットに、交代するというケイト。クレアは食事の準備のため出て行ったが、スコットは生真面目にそのまま続ける、という。
シミュレータを触らせてもらえないケンツはまだ悪態をついていた。足が届けばいいんだろ、とフレッドは何かを思いついたらしく、ケンツを伴って格納庫へ。
司令部からは何の応答もないまま、一週間がすぎていた。
ロディは今日もシミュレーターの中で操縦訓練。最高レベルに挑戦していたが、2機を相手に何度も挟まれては被弾していた。シミュレーターから降りてきたロディに、バーツが分厚いマニュアルを放り投げた。その中に、挟まれた場合の切り抜け方のヒントが書いてある、という。しかし上の空なロディ。あれから一週間だな、とつぶやくように言った。
管制室で眠り込んでいたケイトが、コンピュータが発する警告に気付いた。敵ではなく流星だったが、いつ敵が襲ってきてもおかしくない状況だった。無事に子供達を地球に送り届けるには、軍に頼るほかないのだが、無線での連絡が取れない以上、ジワイメルウへ自分が行って、直接話を付けてくるしかない。
バーツがトラックに荷物を積み込んでいる。ジワイメルウへ一人乗り込み、話を付けてこようというのだ。付いてくる、と言い張って聞かないケンツともめているところへ、スコット・クレア・ロディが現れた。事情を聞いたスコットは、それならみんなで行動した方がいい、危険というならこの基地にこのままいるのも同じだ、と言う。しかし今度はロディが異を唱えた。今はこの星全体が危険だ、いっそ第二ステーションに避難したらどうか、と。
子供達はシャトルでベルウィック脱出の準備中。
シャトル操縦マニュアルに手を焼いているケイトとスコットに、カチュアが助言。まるでマニュアルをそらんじているかのようなカチュアに、その場にいた皆が感心する。
小さな子供達は主にシャトルへの荷物の搬入作業。
と、シャロンとケンツがケンカをしはじめた。クレアが訳を聞くと、ケンツがラウンドバーニアンをジェイナスに持っていく、と言いだしたのだという。シャトルに載るわけがない、とシャロンはケンツをバカ呼ばわりして、ケンカになったらしい。クレアが一喝してようやく静かになった。
みんなをブリッジに呼ぶスコット。
無事ベルウィックを脱出できたわけだが、このステーションもいつ敵に発見されるかわからない。準備が整い次第、すぐにジェイナスでここを発ちたい、目的地は、もちろん地球だ。
スコットの言葉に、歓声を上げる子供達。
スコットは、全員にジェイナスのクルーとしての役割を分担した。
メインオペレーターA班に、バーツ・クレア・フレッド・ペンチ。バーツは武器管制。クレアは航海データの計算・分析。フレッドとペンチはクレアの補佐。
A班と交代・協力するB班に、ロディ・マキ・シャロン・カチュア。
ケンツはRVを含む武器関係を担当。ただし、平時は格納庫の保安点検係。
ジミー・マルロ・ルチーナは随時みんなの手伝い・さしあたって艦内の在庫調べ・ベルウィックからの荷物を管理する係。
指揮官は最年長のスコット。
ケイトさんは、それぞれのオブザーバーとする。
地球に向かう役割分担は決まったが、その前に問題があった。ジェイナスの前に大きな鉄骨がぶらさがっていたのだ。
ジェイナス発進6日目。
ロディとバーツ、RVで船の外に出る訓練をスコットに申し出る。実は敵が来たときのことを想定しての訓練だったが、本当のことを言うとあの堅物（スコットのこと）が許すわけないから、とバーツとロディで示し合わせ。
ケイトが自室で調べ物をしている。「クレアド星地質分析の結果、最大量の熱掃射反応を検出。過去203±0.2年以前に核汚染された可能性が最も大」とコンピュータが告げる。ケイトは、クレアドで見つかった遺跡が、核汚染されていた惑星を蘇らせるために置かれたものだと推測＝汚染したのも異星人＝クレアド星は異星人のもの？と考える。同時に、カチュアの母親がこんな資料を持っていたことに、疑問を感じる。
地球へ行く方法（フライ・バイ）についてマルロとルチーナから説明を求められ、ロディ閉口。そこに徹夜でみっちり当番票を作っていたスコットが都合良く現れる。マルロとルチーナの相手をスコットに押しつけることに成功するロディ。
詩を書いているペンチに、背後からシャロンが近づく。ノートを取り上げ、読み上げながら艦内を走り回ってペンチをからかう。あまりの悪ふざけに、皆からたしなめられる。大したことないのに、女ってこれだから、とシャロン。
グレード0、イエロー警戒態勢。地球の小型救命艇からの救難信号。
呼びかけても応答がない救命艇に、敵の謀略じゃないかとケンツは言う。ロディとバーツが船外に出て様子を探る。中には、男が乗っていた。
ケイトが、異星人の残したメッセージを聴いている。
人口の増加などにより、ククトニアンは周辺の惑星へ移住計画を進めてきた。地球人がクレアド星と呼ぶ星もそのひとつである。はじめに科学者達が調査をかねて、移住実験プロジェクトに取り組んだ。そこへ突然地球人が入り込んできた。調査していたのは軍人ではなく、科学者とその協力者だったのだが、そこを地球人は武力で踏みにじったのだ。
出発して18日目。
カチュアが異星人だということ・それ以上に、両親がククトニアンの捕虜になっている、ということは、両親が地球に向かっていると信じていた子供達にとって、衝撃だった。
食事の席で、みなに今後の進路について相談するスコット。大筋、タウト星へ向かうことで同意する。カチュアを除いて。
敵である自分はもうここにはいられない、と一人決心するカチュア。
ついにジェイナス号のクルーは子供達13人だけに。
ケイトの部屋で、彼女の写真を見つめるロディ。そこに、ケイトを弔う準備のためにクレアたちが入ってくる。荷物をまとめ始めるクレアたちに、ケイトが亡くなったことを未だ認められないロディは、そんなことをして何になるんだ、と怒り出す。ケイトさんを弔うためだ、というクレアたちに、勝手にしろ、と言い、部屋を出ていこうとしたロディが何か落とした。シャロンが拾い上げようとすると、無言で拾い上げ、そのまま出ていく。
ケイトのお葬式。ケイトの遺品を積んだ救命艇に、花を手向ける子供達。花は、カチュアが作ったものだった。その場にロディはいない。カチュアが耐えきれず、その場を走り去る。
違う場所で、ロディは一人、救命艇を見送っていた。
航路変更して3日。
暇を持て余しているマルロとルチーナ。映画館を見つける。ガンダム・南極物語・スターウォーズ？
それにも飽きた二人。歯医者さんを横目に見ながら図書館へ。本を開き、載っている青い星を見て「この青い星何？」とルチーナ。 「ここにアーチュって書いてあるよ」「これが地球！」見つめるルチーナ。
それにも飽きた二人は第2ブリッジへ。
第2ブリッジでは、クレア・カチュア・ペンチ・ジミーがジェイナス運航の勉強をしている。カチュアが皆のアドバイス役。 みんなが仕事をしてるので、小さい子供達はつまらない。
ベルウィック星軌道を離脱して10日目。
アストロゲーターがものすごいスピードで向かってくる。が、どうも動きがおかしい。イエロー警戒態勢発令。ロディとバーツがRVに向かう。 砲塔にはジミーとケンツが向かう。クレアはどこだ、とスコット。マルロ達を見ている、とペンチが答える。こんなときに、と苛つくスコット。
風呂を出たばかりのマルロ・ルチーナ・クレア。クレアに、ママとおなじにおいがする、とルチーナが言う。それを聞いて、そんなトシじゃないわ、 と困惑ぎみのクレア。
敵中継基地を発見した翌日。
スコットは何かの動物のようにブリッジをうろうろしていた。
敵がジェイナスに向かってビームを打ち込んで来ている。しかし、コンマ02以下の命中率という精度の低さだった。一体敵はなんのためにそんなことをしてきているのか、ビームの閃光がブリッジに走るたび、スコットのイライラは募るのだった。
スコット・ロディ・バーツが3人で相談している。敵の中継基地のことだ。先手を打って攻撃しなければ手遅れになる、というロディとバーツ。危険だ、と言い張るスコット。
敵の遠方からのビーム攻撃は、昨日からずっと続いていた。
遠方からの射撃で収束率が拡散しているため、大規模なダメージを受けることはないものの、心臓に悪いことこの上ない。敵の真意を測りかねる子供たち。もしかしたら、カーゴから出ているエクストラ力線と何らかの関わりがあるのではないか、と思い始める。
ケンツがシャワー室の前でうろうろしている。様子のおかしいケンツを見ていぶかしむロディとバーツ。そういえばケンツは他の人間と風呂に入ったことがない、しっぽでも生えてるんじゃないか、と笑いながら立ち去るバーツとロディ。その話をシャロンとペンチがランドリーで聞いてしまっていた。真っ赤になったペンチとは対照的に、おもしろそう、といたずらっぽく笑うシャロン。
ジェイナスと13人は無事、タウト星に入った。
初めて見るアストロゲーター（ククトニアン）の生活圏。地球のものとは形や色などの雰囲気が違うだけで、机や椅子、本など、基本的な生活習慣は変わらないようだ。食堂もある。彼らの出した食事を唯一食べたロディが、味は大分違うみたいだと説明。
両親たちがいたところに行ってみたい、と言いだすルチーナ。みんなもそれに賛同し、カチュアの道案内で（何で知ってるのか不思議）そこへ向かう。
その彼らを見ている怪しい人影。